基因改造黃豆是否安全無虞仍有爭議，
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，但學者憂心因近來年國外動物研究發現，
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，小老鼠吃了基改黃豆一年後，
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，會導致腫瘤變大、身體其他器官病變等狀況。醫師則表示，
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，基改黃豆最擔心的是過敏反應的問題，
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，因為基改黃豆有些是由動物或殺菌等基因來改造，
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，若人體對某種動物或殺菌物質過敏，
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，吃了基改黃豆就可能引發過敏，孩童應盡量少吃基因改造食品。
衛署：市售基改豆均有許可證
對於主婦聯盟等團體的質疑，衛生署食藥局食品組簡任技正王慧英表示，國外進口黃豆並未區分飼料豆、食品豆，只要是進口到國內且作為食品的基改黃豆，都需通過食品衛生標準，且要查驗登記，必須符合安全性、過敏性等審查，才能拿到許可證，而歷年監測發現市售的基改黃豆，均有許可證。
有可能引起過敏
林口長庚醫院臨床毒物科主任林杰樑表示，基因改造黃豆確實具爭論性，主要擔心基改黃豆會引起過敏反應。歐洲方面也有研究認為，基改黃豆會影響人體免疫力，尤其孩童免疫力等還在發展階段，建議盡量少吃。
目前國內強制規定，凡有包裝的基改食品均須標示，但林杰樑認為，若在餐廳外食，根本無從了解是否使用基改食品，尤其學童營養午餐更應加強標示是否使用基改食品，提供家長更多的選擇資訊。
台灣大學農藝學系暨研究所教授郭華仁表示，近來國外動物實驗發現，讓小老鼠吃一年的基改黃豆，不但會有腫瘤，各器官也產生病變。基改和非基改黃豆外觀很難分辨，國外根本不會拿飼料黃豆給人吃，政府或學校應替學童把關。，