台南市定古蹟水仙宮年久失修，
系統建置
，樑柱多處嚴重蛀蝕，
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，幾乎成為危廟，
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，經過多年的整合，
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，即將整修，
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，預計後年中完成，再現五條港風華。
台南市文資管理處表示，水仙宮早在民國93年就已列入內政部的古蹟整修計畫中，但因為管委會與廟前攤商意見難以整合，延宕至今；期間為避免古蹟坍塌，只能補助廟方進行臨時性的支撐與除蟻，還好未發生嚴重問題。
目前還有多處市定古蹟也遇到類似的問題，像法華寺及廣安宮等，因廟方對古蹟整修有不同意見，遲遲無法進行整修，文資處只能眼睜睜看著古蹟逐漸傾毀，卻無計可施。
有的主事者甚至抱著「等舊的倒掉就可以蓋新的」，反對修古蹟，完全欠缺保存古蹟的觀念，卻溝通無效。
文資處表示，水仙宮供奉水仙尊王，建於清康熙42年（西元1703年），期間曾整修，但部分樑柱與與石雕的雀替（承接的木構件）、彩繪板等，都有近一甲子未維修，遭到白蟻蛀蝕嚴重。
水仙宮廟前現為水仙宮市場，里長沈廉哲擔任寺廟主委整合不同意見，將展開整修。
攤商擔心影響生意，因此整修將在下午與晚間進行，維修經費約兩千萬元。，