馬英九總統昨天接見美國外交政策全國委員會訪華團時首度表示，
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，兩岸互設辦事機構的協議不是經濟性質，
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，而屬政治性質；兩岸若簽訂互設辦事機構協議，
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，比起其他十九項協議，
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，「可以說是政治性最高的一個」。
府方人士表示，
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，馬總統對兩岸互設辦事機構的定位非常清楚，也就是這個機構是中性的，只處理事務性、服務性的工作，不具政治意涵。因為兩岸交流如此頻密，的確有必要在對方領域內設辦事機構，但不具外交意涵的設計，像是人道探視權很重要，但絕對不是所謂的「領事探視權」，兩岸互設辦事機構是落實「主權互不承認，治權互不否認」理念。
馬總統表示，兩岸關係與國際關係已經成為良性循環，這幾年來台灣的外交與兩岸關係都有顯著進展，除了能參與許多國際組織活動外，日前的亞太經合會議中，我領袖代表、前副總統蕭萬長與大陸領導人習近平進行會談；陸委會主委王郁琦也和對岸國台辦主任張志軍碰面，「雙方互稱官銜，這在兩岸關係發展史上的第一次」，意義非凡。
針對兩岸互設辦事處，馬總統認為，此一議題非經濟性質，而是政治性質，亦是雙方簽署十九項協議以來，最具政治性的一項協議，如能順利簽署，將成為兩岸簽署的第廿項協議，具有重大意義。
府方人士進一步解釋，例如兩岸簽署「共同打擊犯罪與司法互助協議」，涉及到司法權、管轄權等議題，就不是純經濟性的議題，而是含有政治敏感性在內，但因兩岸跨境犯罪猖獗，不聯手打擊則難以見效，並且具有迫切性，因此盡早納入協商議題。
他指出，兩岸互設辦事機構，這個「機構本身」不具政治意涵，是中性、服務性、事務性的機構；但是，兩岸洽簽互設辦事機構的「協議」，這個「議題」不是經濟性而是政治性的，比起之前的十九個協議，是政治性最高的一個。，