針對最高法院的判決，
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，總統陳水扁辦公室20日回應，
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，指最高法院自行創設「實質影響力說」來入陳水扁於罪，
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，是百分之百違憲的判決。
扁辦指出，
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，元大併復華部分在地院一審時陳水扁獲判無罪，
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，最主要理由是銀行合併非總統法定職權，以及並無不法對價關係；但二審及最高法院的判決顯然違反憲法規定，突然逆轉、推翻過去的見解，自行創設「實質影響力說」來入罪於陳水扁。
扁辦強調，刑法明訂「罪刑法定主義」，對於貪污罪的認定必須採取嚴格的罪刑法定標準，但最高法院的判決，顯然是以實質影響力之說，在法律明文內容之外，另行創設新的犯罪類型，難讓人服氣。，