蘇花公路改善工程首創國內第一宗生態停工機制，
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，一旦白頭翁、麻雀、綠繡眼等指標物種少於一定隻數，
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，工程立即喊停。去年三月開工以來，
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，陸海空每三個月進行兩次調查，
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，指標物種數量未出現明顯增減。主因可能是蘇花改工程超過半數都在隧道內進行，
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，對生態擾動不大。
不過，
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，今年三、六月，
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，觀音海岸海域的生物需氧量偏高，
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，令工程人員一度很納悶，因蘇花改工程並未將廢水排入海中。最後調查解謎，為海中浮游生物春、夏兩季出生、死亡的代謝率高的自然現象所致。
蘇花改工程沿線保育類、台灣特有種生物繁多，公路總局蘇花改工程處長邵厚潔指出，蘇花改沿線過去進行物種普查並建立物種名錄，鎖定觀音海岸野生動物棲息區、太魯閣國家公園、東澳北溪、和平溪等地監測。一旦十五種指標物種少於特定隻數就會立即停工，要復工還須召開專家會議、複查，排除工程因素後才能繼續施工。
以陸域生態為例，白頭翁、麻雀、綠繡眼、小雨燕、紅嘴黑鵯、洋燕、繡眼畫眉、五色鳥與竹雞九種鳥類，在觀音海岸野生動物重要棲息環境，連續兩次調查這九類總數少於九十七隻，或在太魯閣國家公園少於六十二隻就要停工。
至於這些數字如何得出？負責生態監測的台灣世曦工程工程師陳重吉指出，指標物種數量根據環評過程進行兩年監測數量為基準，不得少於平均值的五成；監測物種數量以兩小時內平均觀測到的最多物種隻數為取樣對象。，