蘇花改工程擬採生態停工機制，花蓮民宿，以保護原生鳥類，油甘，讓花蓮縣議會吵翻天；雲林縣環保聯盟前理事長陳清圳表示，冷凍食品，這算是進步的機制，戚風蛋糕，但以破壞生態環境至鉅的雲林縣湖山水庫工程言，百菇泡菜，當初也有類似的停工機制，卻從未啟動過，徒具虛文。他建議應開放民間團體共同參與調查、監督，不能讓工程單位球員兼裁判。
根據水利署中區水資源局今年6月於環保署所提環境影響調查報告書指出，南投特生中心監測湖山水庫保育類八色鳥的數目，從民國94年動工的243隻，到去年僅剩77隻，減少達68%；保育類台灣獼猴因棲地遭破壞，群起遷徙，與人爭地或破壞農作的情形時有所聞。
陳清圳指出，湖山水庫橫跨斗六、林內、古坑等地山區，工程腹地對既有生態環境造成永久性毀滅；當初進行環評時，工程主管單位也提出「若遇人文古蹟或保育類動植物棲地即停工」的承諾。
陳清圳說，湖山水庫工程有條件通過環評後，工程單位卻變成只把古蹟遺物遷走、植物移植，或以保育類動物族群自然會「趨吉避凶」、遷徙避開工程破壞的理由搪塞，完全沒有落實承諾，更遑論協助遷徙的古蹟遺物也未完整保留，移植的植物存活率甚低的事實。
陳清圳認為，蘇花改生態停工機制以「指標性物種」做為停工判準，是進步概念，但若讓施工單位或環保單位自行做，不但力有未逮，也有失客觀公正，起碼應委託公正第三單位進行調查評估，才有正當性和可行性。，