健保開辦廿二年，
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，地區醫院減少三成六。成功大學經濟系教授劉亞明以健保大數據分析醫院退場原因，
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，發現健保實施總額預算制，
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，加速醫療機構兩極化發展，
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，尤其以南部縣市的地區醫院退場率較高。醫改會呼籲，
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，盡速改革健保支付標準，
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，健全家醫制度，
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，才能讓分級醫療更完善。劉亞明發現，
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，二○○二年健保實施總額預算制度前，偏鄉縣市的醫院退出率較高，但後來是都會區醫院退出率較高，顯示都會區經營成本與競爭，在總額制度實施後成為醫院退場主因；另在總額體制下，同一地區門診與住院診次成長愈多，平均每次得到的給付愈少，醫院因不敷成本，愈容易退出市場。健保支付差異也是造成國內醫院兩極化原因，劉亞明指出，治療同一種疾病或同一種手術，層級越高醫院所獲給付愈多，造成「同工不同酬」問題。例如，進行無合併症闌尾炎手術，地區醫院所獲支付比醫學中心少了近二千元，單純剖腹產則少了一千七百多元。劉亞明指出，今年實施分級醫療部分負擔差異前，到大、小醫院就醫付費差距不大，民眾不論病情輕重，會優先選擇設備較好的大型醫院，助長醫院大者恆大趨勢，小型醫院除非轉型成功，否則只有關門、退出健保特約，或是改為診所。醫改會研究員辜智芬表示，健保支付現況存在「同病不同酬」、「不同病同酬」弊端，例如醫學中心、地區醫院看同一種病卻有支付差異，以及醫學中心看感冒跟複雜心臟病的診察費都相同，使醫學中心門診量、輕症量都高，若回歸分級醫療，這些輕症、門診病人都應分流到地區醫院、基層診所就診。，