監察院表示，
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，國科會於96年核定補助纖維素生質酒精計畫案，
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，辦理程序草率匆促，
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，因人設事，
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，顯有疏失。監察院教育及文化委員會11日通過監委馬以工、周陽山、趙榮耀提案，
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，通過糾正國科會。
監察院指出，
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，國科會核定補助中央研究院辦理「從纖維素到生質酒精關鍵技術開發」計畫，為多年期整合型計畫，總計畫主持人為翁啟惠。這項計畫的期程，自民國96年8月1日起，至100年3月31日止，總補助經費共3億333萬餘元，執行數為3億191萬餘元。
監察院指這項補助案有多項缺失，辦理程序草率匆促。國科會未考量國內並非生質酒精研究先行者，行政院原子能委員會核能研究所，早已建置大型測試廠及平台，推動商轉量產，但國科會仍核定這項補助案，投注鉅額經費及研究人力，不僅效益不彰，也未能積極整合運作。
另外，監察院表示，國科會執行能源國家型科技計畫，將資源重複投入纖維酒精研究，計畫核定明顯欠周妥。無法有效整合產、官、學、研資源；之後另以專題研究計畫型態，補助辦理同類計畫，研發成果雷同，成果效益都未能彰顯研究主題。，