海研五號前晚在澎湖外海四點六海里處觸礁，
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，船身大量進水，
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，短短三小時完全沉沒，
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，生還者形容「就像鐵達尼號」，
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，輪機長許祖雄說，
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，船底「開膛剖肚」可能性大，
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，即使關閉水密門，
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，海水仍持續灌進來，以致最後沉船。
澎湖地檢署昨依業務過失致死罪偵辦，傳訊船長黃余發、大副林家威、研究團隊探測長林嘉向，訊後院方裁定黃余發十萬元交保並限制出境，另二人請回。
黃余發說，當初建議不要出海，「可能他們（研究團隊）認為研究較重要」。」
有人認為海研五號可耐七、八級浪，質疑是失去動力在先，或人為因素；輪機長許祖雄說，他先聽到「碰、碰」兩聲，接著機艙進水，認為應該是船失去動力後，船底才割到礁石。許祖雄說，從進水到沉船應該要很長時間，但海研五號卻三小時沉船，絕對是被「開膛剖肚」，「像開罐器一樣從頭刮到尾，一般都是觸礁造成」，而且「很可能連發電機艙底都戳穿了，才會那麼快沉沒。」
【記者許俊偉、侯俐安／綜合報導】「海研五號」疑似機件故障、觸礁沉沒。負責海事調查的交通部航港局昨羅列出卅五項調查細項，包括打撈「黑盒子」（航行資料記錄器）、蒐集油料記錄、航儀保養等資料，並進一步釐清是先機件故障還是先觸礁，以追查船難是天災還人禍。
調查報告預計十五天內出爐，但還須經海事評議，才能確認最終責任歸屬。，