休耕歷史最早是從一九八四年政府推動「稻田轉作計畫」開始，
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，但當年全台休耕地僅五千七百多公頃。隨著政府加碼補助鼓勵休耕，
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，截至去年，
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，全台休耕地增加到廿萬公頃，
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，不到卅年間，
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，休耕地面積增加卅五倍，花掉政府上千億預算。
農委會表示，八○年代因雜糧進口、國人飲食習慣改變，導致稻米產量過剩；加上一九九七年起政府為因應加入世貿組織（ＷＴＯ），推動「水旱田利用調整計畫」，也就是休耕政策，讓原本是附帶措施的休耕補助，為避免穀賤傷農，成為政策主軸。
農委會農糧署表示，休耕補助在八○年代一期僅補助兩萬七千元，當時仍鼓勵農民轉作雜糧，不過因國際糧價偏低，台灣種植「黃小玉」（黃豆、小麥、玉米）成本高，沒有市場競爭力；再加上政府為加入ＷＴＯ，取消部分保價收購，最直接的方式，就是發放休耕給付彌補農民損失。
休耕補助一開始就是採「對地補貼」，但農糧署指出，領取休耕補助有資格限制，農地須是一九九四年至二○○三年間，任一年種稻、契作蔗作、保價雜糧，或參加稻田轉作休耕有案田區；不過當時休耕補助為三萬七千元，十多年來漲了八千元，到現在每公頃每期可領四萬五千元休耕補助。，