二代健保上路後，輪椅價格，各大學每年要多繳數百萬到數千萬元的雇主補充保費，電腦打卡系統，讓大學大喊吃不消。三大大學校院協進會今在大學校長會議中提案，人事考勤系統，希望教育部能補貼，醫療氣墊床，否則將嚴重衝擊大學財務。教育部表示，預防感冒，考慮額外編列經費支應，電梯管制系統，也會再向健保局爭取，人事出勤管理，排除研究計畫案的兼職人員。
國立大學校院協進會理事長、政治大學校長吳思華說，會員卡設計，二代健保上路讓學校「損失」數百萬到數千萬元，「比漲電費還要可怕」，希望教育部能補貼補充保費，幫助大學吸收成本。他估計政大一年約增加1000多萬元，台大甚至可能增加3、4000萬元。連教授向國科會或教育部等單位承接的計畫案衍生的雇主補充保費，也要轉嫁由大學買單，實在很不合理。
義守大學校長蕭介夫也說，私立大學雖然承接的計畫案比較少，但一年也要增加幾百萬元支出，教育部如果不給補助，又不讓大學漲學費，長久將嚴重衝擊大學辦學品質。
教育部長蔣偉寧表示，原本教育部粗估大學增加的補充保費要兩億多元，但日前衛生署已同意讓研究生比照大學部學生，兼差打工單筆收入沒有超過基本薪資，可以排除適用二代健保補充保費規定。教育部近期內將組成專案小組，調查各大學排除研究生後需支付的補充保費金額，不分公私立大學「盡可能予以協助」。
高教司司長黃雯玲說明，大學假如是承接教育部計畫案繳納補充保費，初步研議大學申請研究經費時，可額外編列二代健保管理費，由教育部直接編列經費補助。教育部也希望再和健保局溝通，其他兼職人員也可比照研究生排除開徵補充保費，減輕大學負擔。，